第二十一条 省级财政、文物行政主管部门综合考虑文物保护工作实际、年度工作计划，区分轻重缓急，对项目库一般项目进行排序。省级财政部门会同省级文物行政主管部门，根据项目排序和项目预算评审、执行情况，结合项目实施周期和年度预算需求，提出下年度资金申请，并于8月31日前将申请报告报送财政部和国家文物局，抄送当地财政监察专员办事处。
第二十二条 国家文物局依据国家有关方针政策和项目预算评审、执行情况，结合有关部门和地方文物保护工作情况和专项资金年度申请情况，对项目库项目排序进行调整，对一般项目相关因素进行测算，提出年度专项资金预算安排建议方案，报财政部审核。其中，分地区因素测算数不得高于该地区年度一般项目预算评审控制数规模，超出部分调减用于重点项目。
第二十三条 财政部根据国家文物局建议方案，综合考虑年度专项资金预算规模、项目排序和预算管理要求，审核确定当年专项资金预算分配方案，按照规定分别下达中央有关部门、省级财政部门，抄送国家文物局和有关财政监察专员办事处。同时会同国家文物局将项目预算安排数纳入项目库。
第二十四条 省级文物行政主管部门根据项目库项目排序和预算评审、执行情况，提出一般项目预算安排建议方案。省级财政部门根据省级文物行政主管部门建议方案，在综合考虑一般项目补助年度预算规模、项目排序和预算管理规定的基础上，审核确定当年一般项目补助预算分配方案。其中，省级及省级以下文物保护单位保护项目预算不超过本省一般项目补助的15%；数字化保护支出预算不超过本省一般项目补助的10%。
第二十五条 省级财政部门应当在接到专项资金预算30日内，正式分解下达本级有关部门和本行政区域县级以上各级政府财政部门，将资金分配结果报财政部备案并抄送当地财政监察专员办事处。基层政府财政部门接到专项资金后，应当及时分解下达至项目实施单位。上述项目预算下达情况要及时纳入项目库。
第二十六条 财政部按规定将下一年度预计数提前下达省级财政部门，并抄送国家文物局和财政监察专员办事处。省级财政部门在接到预计数后30日内下达本行政区域县级以上各级财政部门，同时将下达文件报财政部备案，并抄送当地财政监察专员办事处。县级以上地方各级财政部门应当将上级财政部门提前下达的预计数编入本级政府预算。
第二十七条 专项资金下达后，地方各级相关部门和项目实施单位应当按规定加强预算执行管理，不得以重复评审等形式截留项目资金。
第五章 资金使用、管理
第二十八条 项目实施单位应当严格按照批准的专项资金补助范围和支出内容安排使用专项资金。如有特殊情况，需要调整补助范围和支出内容的，应当逐级报送至项目保护方案批复部门同意，并报同级财政部门备案。在确保完成当年文物保护项目基础上，省级财政部门可会同省级文物行政主管部门，在本办法规定的专项资金支出范围内，统筹使用资金。
第二十九条 专项资金支付应当按照国库集中支付有关规定执行。专项资金支出过程中按照规定需要实行政府采购的，按照《政府采购法》等有关规定执行。国家对相关支出事项有规定标准的，按照国家标准执行。专项资金上年项目结转资金可在下年继续使用；连续两年未用完的项目结转资金，应按照规定确认为结余资金，由项目实施单位同级财政部门按规定收回统筹使用。对因情况发生变化导致短期内无法继续实施的项目，项目实施单位应及时按程序向同级财政部门报告，由同级财政部门按规定收回统筹使用。
第三十条 项目实施单位使用专项资金形成的资产属于国有资产的，应当按照国家国有资产管理有关规定管理，防止国有资产流失。知识产权等无形资产的管理，应当按照国家相关知识产权法律法规执行。项目成果（含专著、论文、研究报告、总结、数据资料、鉴定证书及成果报道等），均应注明“国家文物保护专项资金补助项目”和项目编号。
第三十一条 专项资金实行年度财务报告制度。项目实施单位在项目实施年度终了后，应当通过专项资金系统逐级报送项目决算。中央有关部门、省级文物行政主管部门对专项资金决算进行审核汇总（地方单位实施的项目决算应经省级财政部门审核同意后报送），于每年3月31日前将上年度项目决算汇总情况报送国家文物局，并上传到专项资金项目库。国家文物局审核汇总后，将国家文物保护专项资金年度项目决算情况报财政部备案。
第三十二条 专项资金实行结项财务验收制度。项目实施完毕后，项目实施单位应当在6个月内分别向中央有关部门、省级文物行政主管部门提出财务验收申请。中央有关部门、省级文物行政主管部门委托第三方机构或专家组对项目进行财务验收，出具验收意见，并上传到专项资金项目库。项目通过财务验收后，项目实施单位应当在一个月内及时办理财务结账手续。未通过财务验收的，项目实施单位应当根据财务验收意见进行整改，在一个月内重新提出财务验收申请，按规定程序再次报请验收。
